L'organisation du CHR d’Orléans se structure autour de pôles d’activité médicale et de pôles de gestion.
Les pôles d’activité médicale sont des pôles cliniques et médico-techniques : ils regroupent des activités complémentaires de plusieurs services et unités de soins. Chaque pôle est une « fédération » de services et un centre de responsabilité dont le responsable est un praticien hospitalier, assisté d’un directeur investi d’un pouvoir délégué de gestion. Un cadre supérieur de santé et un cadre administratif complètent cette équipe de pôle.
Les pôles de gestion regroupent les expertises techniques, logistiques et administratives. Chaque pôle de gestion comporte plusieurs directions fonctionnelles.
Cette organisation permet la mise en œuvre d'une gestion de proximité qui vise à maîtriser l’utilisation des ressources de l’hôpital en rapprochant la gestion et la décision du terrain, et à améliorer la qualité de la prise en charge des patients ,en opérant un décloisonnement entre les personnels médicaux, soignants et administratifs.