solidarité Covid-19

salle et équipement de microbiologie

 

L’unité de Microbiologie, virologie et parasitologie, sous la responsabilité Dr Jérôme Guinard, compte 16 techniciens, 2 praticiens hospitaliers (Dr Jérôme Guinard et Dr Laurent Bret) et 2 assistantes spécialistes (Dr Laura Courtellemont et Dr Clémence Guillaume).

Les biologistes de l’unité de Microbiologie assurent une prise en charge globale du diagnostic biologique des maladies infectieuses sur les secteurs suivants :

Les biologistes participent activement aux réunions de concertations pluridisciplinaires du CHR d'Orléans (Infections ostéoarticulaires, Maladies infectieuses, Diagnostic anténatal CPDPN…). Les praticiens sont membres du CAI/CLINILS.

Les biologistes du laboratoire participent régulièrement à des études de recherche clinique en collaboration avec des praticiens des services de soins ou avec d’autres laboratoires hospitaliers. Le laboratoire est largement intégré aux réseaux de surveillance épidémiologiques dans les différents domaines de la Microbiologie. Les biologistes encadrent régulièrement les stagiaires des écoles de techniciens de laboratoire et interviennent en cours magistraux dans les écoles paramédicales d’Orléans.

Au sein du Pôle Biopathologie, les ressources et les équipements sont mutualisés. Ainsi, les analyses de Biologie moléculaire infectieuse sont exécutées par les techniciens de l’unité de Biologie moléculaire (Structure de Génétique) et celles de Sérologies infectieuses / Virologie par les techniciens de l’unité de Biochimie. Les biologistes de l’unité de Microbiologie ont la responsabilité biologique de la réalisation de ces examens.

Bactériologie Générale – Laboratoire P2

Les activités de Bactériologie générale sont réparties en 3 secteurs :

  • Pédiatrie / Maternité / Gériatrie (La maternité de niveau 3 (environ 5000 accouchements par an) / Plusieurs EHPAD intégrés au CHRO / Prélèvements réalisés au CH de Pithiviers…)
  • Urgences / Réanimation / Chirurgies (Urgences adultes et pédiatriques / Plusieurs services de réanimation médicale, chirurgicale / Neurochirurgie, Chirurgie digestive…)
  • Infectiologie / Orthopédie / Externes (Médecine infectieuse / Chirurgies orthopédique / Prélèvements externes en provenance des centres de prélèvement du CHRO…)

Les équipements du laboratoire sont récents et ont été choisis avec une volonté d’automatisation :

Les analyses bactériologiques sont réalisées sur tout type de prélèvements. L’ensemencement est automatisé pour la majorité des prélèvements sur un ensemenceur automatique de géloses (InoqulA – BD). Des colorateurs automatisés de lames sont utilisés (Gram et MGG – Aerospray – Elitech). Les cytologies urinaires sont réalisées sur un automate de cytologie urinaire (IQ 200 - Beckman).

Les cultures bactériennes sont analysées 7 jours/7 pour l’ensemble des prélèvements. Les identifications bactériennes sont réalisées par spectromètre de masse (MaldiTof Microflex – Bruker). Les antibiogrammes sont réalisés de manière automatisée en milieu liquide (Vitek 2 - Biomérieux) et par diffusion en milieu gélosé (Sirscan Automatique).

Le diagnostic moléculaire d’urgence / confirmation est proposé par le laboratoire et ouvert à la permanence des soins : Panels multiplex comportant chacun une vingtaine de cibles infectieuses avec un délai de rendu inférieur à 2 heures : Panel multiplex « encéphalites », « infections gastriques », « infections respiratoires » (Filmarray, Biomérieux). Caractérisation moléculaire des BHRe (Entérobactéries porteuses de Carbapénémases (PCR englobant l’ensemble des classes)), Entérocoques résistants aux Glycopeptides (PCR vanA / vanB)) (Genexpert, Cepheid).

 

Mycologie – Parasitologie – Coprologie Bactérienne

Les activités de Mycologie / Parasitologie / Coprologie bactérienne profitent d’un très bon recrutement de patients dans la population Orléanaise (par exemple, nous diagnostiquons chaque année plus de 40 cas de paludisme positifs).

Un des centres de prélèvement du CHRO se trouve à côté des laboratoires et les biologistes de l’UF de Microbiologie réalisent des prélèvements gynécologiques et de phanères (Créneaux de prélèvements ouverts à tous les patients extérieurs au CHRO sur rendez-vous).

Les identifications des champignons filamenteux sont réalisées par observation macroscopique et microscopique. Des essais d’identification par spectrométrie de masse sont en cours de validation.

Recherche des Mycobactéries – Laboratoire P3

Les recherches de Mycobactéries sont réalisées dans un laboratoire sécurisé aux normes P3. Les cultures automatisées sont réalisées sur automate MGIT (BD). Les identifications de Mycobactéries sont réalisées par spectrométrie de masse. Le laboratoire dispose d’un automate Genexpert pour la réalisation des PCR Complex tuberculosis. Nous diagnostiquons en moyenne 35 cas de tuberculoses par an.

Sérologies infectieuses - Virologie

Un large panel de sérologies infectieuses est réalisé au laboratoire :

Les analyses sont réalisées sur les automates Architect (Abbott), Liaison (Diasorin), Virclia (Orgentec), Automate de plaques ELISA Gemini (Launch Diagnostic)

Les analyses spécialisées (Western -blots, Immunofluorescences…) sont réalisées par un poste technique dédié.

Biologie moléculaire infectieuse

Les analyses de biologie moléculaire infectieuses sont réalisées dans l’UF de Biologie moléculaire : Charges virales VIH, VHB, VHC, CMV, EBV, BK virus / PCR HSV-1, HSV-2, VZV, Entérovirus, Grippe, VRS, Coqueluche, Mycoplasma-Chlamydophila pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoaea, Papillomavirus… / Génotypages VHC et Génotypages de résistance du VIH aux antirétroviraux (RT, Protéase, Intégrase).

Ces analyses sont réalisées sur les automates Cobas 4800 (Roche), Qiasymphony (Qiagen), ABI 7900 (Applied), Genexpert (Cepheid), Séquenceur 3130 Genetic Analyzer (Applied).

 

Unité fonctionnelle de Microbiologie

Responsable : Dr Jérôme Guinard

L’UF de Microbiologie compte 16 techniciens, 2 praticiens hospitaliers (Dr Jérôme Guinard et Dr Laurent Bret) et 2 assistantes spécialistes (Dr Laura Courtellemont et Dr Clémence Guillaume).

Les biologistes de l’UF de Microbiologie assurent une prise en charge globale du diagnostic biologique des maladies infectieuses sur les secteurs suivants :

·       Bactériologie générale – Laboratoire P2

·       Mycologie / Parasitologie / Coprologie bactérienne

·       Recherche des Mycobactéries – Laboratoire P3

·       Sérologies infectieuses / Virologie

·       Biologie moléculaire infectieuse

 

Les biologistes sont joignables directement sur les postes téléphoniques suivants :

Biologiste astreinte Bactériologie / Mycologie / Parasitologie = 02.38.51.40.31

(Numéro abrégé CHRO = 14031)

 

Biologiste astreinte Sérologie / Virologie / Biologie moléculaire Infectieuse / Recherche des Mycobactéries  = 02.38.51.48.74

(Numéro abrégé CHRO = 14874)

 

 

Les biologistes participent activement aux réunions de concertations pluridisciplinaires du CHRO (Infections ostéoarticulaires, Maladies infectieuses, Diagnostic anténatal CPDPN…). Les praticiens sont membres du CAI/CLINILS du CHRO.

Les biologistes du laboratoire participent régulièrement à des études de recherche clinique en collaboration avec des praticiens des services de soins ou avec d’autres laboratoires hospitaliers. Le laboratoire est largement intégré aux réseaux de surveillance épidémiologiques dans les différents domaines de la Microbiologie. Les biologistes encadrent régulièrement les stagiaires des écoles de techniciens de laboratoire et interviennent en cours magistraux dans les écoles paramédicales d’Orléans. 

Au sein du Pôle Biopathologie, les ressources et les équipements sont mutualisés. Ainsi, les analyses de Biologie moléculaire infectieuse sont exécutées par les techniciens de l’UF de Biologie moléculaire (Structure interne de Génétique) et celles de Sérologies infectieuses / Virologie par les techniciens de l’UF Biochimie. Les biologistes de l’UF de Microbiologie ont la responsabilité biologique de la réalisation de ces examens.

Bactériologie Générale – Laboratoire P2

Les activités de Bactériologie générale sont réparties en 3 secteurs : 

- Pédiatrie  /  Maternité  /  Gériatrie (La maternité de niveau 3 (environ 5000 accouchements par an) / Plusieurs EHPAD intégrés au CHRO / Prélèvements réalisés au CH de Pithiviers…)

- Urgences  /  Réanimation  /  Chirurgies  (Urgences  adultes  et  pédiatriques  /  Plusieurs  services  de réanimation médicale, chirurgicale / Neurochirurgie, Chirurgie digestive…)

- Infectiologie / Orthopédie / Externes (Médecine infectieuse / Chirurgies orthopédique / Prélèvements externes en provenance des centres de prélèvement du CHRO…)

 

Les équipements du laboratoire sont récents et ont été choisis avec une volonté d’automatisation :

Les analyses bactériologiques sont réalisées sur tout type de prélèvements. L’ensemencement est automatisé pour la majorité des prélèvements sur un ensemenceur automatique de géloses (InoqulA – BD). Des colorateurs automatisés de lames sont utilisés (Gram et MGG – Aerospray – Elitech). Les cytologies urinaires sont réalisées sur un automate de cytologie urinaire (IQ  200  - Beckman).

Les cultures bactériennes sont analysées 7 jours/7 pour l’ensemble des prélèvements. Les identifications bactériennes sont réalisées par spectromètre de masse (MaldiTof  Microflex    Bruker). Les antibiogrammes sont réalisés de manière automatisée en milieu liquide (Vitek  2  -  Biomérieux) et par diffusion en milieu gélosé (Sirscan Automatique).

Le diagnostic moléculaire d’urgence / confirmation est proposé par le laboratoire et ouvert à la permanence des soins : Panels multiplex comportant chacun une vingtaine de cibles infectieuses avec un délai de rendu inférieur à 2 heures : Panel multiplex « encéphalites », « infections gastriques », « infections respiratoires » (Filmarray, Biomérieux). Caractérisation moléculaire des BHRe (Entérobactéries porteuses de Carbapénémases (PCR englobant l’ensemble des classes)), Entérocoques résistants aux Glycopeptides (PCR vanA / vanB)) (Genexpert, Cepheid).



 

 

 


 


Mycologie – Parasitologie – Coprologie Bactérienne

Les  activités  de  Mycologie  /  Parasitologie  /  Coprologie  bactérienne  profitent  d’un  très  bon recrutement  de  patients  dans  la  population  Orléanaise  (par  exemple,  nous  diagnostiquons  chaque année plus de 40 cas de paludisme positifs).

Un des centres de prélèvement du CHRO se trouve à côté des laboratoires et les biologistes de l’UF de Microbiologie réalisent des prélèvements gynécologiques et de phanères (Créneaux de prélèvements ouverts à tous les patients extérieurs au CHRO sur rendez-vous).

Les identifications des champignons filamenteux sont réalisées par observation macroscopique et microscopique. Des essais d’identification par spectrométrie de masse sont en cours de validation.

Recherche des Mycobactéries – Laboratoire P3

Les recherches de Mycobactéries sont réalisées dans un laboratoire sécurisé aux normes P3. Les cultures automatisées sont réalisées sur automate MGIT (BD). Les identifications de Mycobactéries sont réalisées par spectrométrie de masse. Le laboratoire dispose d’un automate Genexpert pour  la  réalisation  des  PCR  Complex  tuberculosis. Nous  diagnostiquons  en  moyenne  35 cas  de tuberculoses par an.

Sérologies infectieuses - Virologie

Un large panel de sérologies infectieuses est réalisé au laboratoire :

Les analyses sont réalisées sur les automates Architect (Abbott), Liaison (Diasorin), Virclia (Orgentec), Automate de plaques ELISA Gemini (Launch Diagnostic)

Les analyses spécialisées (Western -blots, Immunofluorescences…) sont réalisées par un poste technique dédié.

Biologie moléculaire infectieuse

Les analyses de biologie moléculaire infectieuses sont réalisées dans l’UF de Biologie moléculaire : Charges virales VIH, VHB, VHC, CMV, EBV, BK virus / PCR HSV-1, HSV-2, VZV, Entérovirus, Grippe, VRS, Coqueluche, Mycoplasma-Chlamydophila pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoaea, Papillomavirus… / Génotypages VHC et Génotypages de résistance du VIH aux antirétroviraux (RT, Protéase, Intégrase).

Ces analyses sont réalisées

Unité fonctionnelle de Microbiologie

Responsable : Dr Jérôme Guinard

L’UF de Microbiologie compte 16 techniciens, 2 praticiens hospitaliers (Dr Jérôme Guinard et Dr Laurent Bret) et 2 assistantes spécialistes (Dr Laura Courtellemont et Dr Clémence Guillaume).

Les biologistes de l’UF de Microbiologie assurent une prise en charge globale du diagnostic biologique des maladies infectieuses sur les secteurs suivants :

• Bactériologie générale – Laboratoire P2

• Mycologie / Parasitologie / Coprologie bactérienne

• Recherche des Mycobactéries – Laboratoire P3

• Sérologies infectieuses / Virologie

• Biologie moléculaire infectieuse

 

Les biologistes sont joignables directement sur les postes téléphoniques suivants :

Biologiste astreinte Bactériologie / Mycologie / Parasitologie = 02.38.51.40.31

(Numéro abrégé CHRO = 14031)

 

Biologiste astreinte Sérologie / Virologie / Biologie moléculaire Infectieuse / Recherche des Mycobactéries = 02.38.51.48.74

(Numéro abrégé CHRO = 14874)

 

 

Les biologistes participent activement aux réunions de concertations pluridisciplinaires du CHRO (Infections ostéoarticulaires, Maladies infectieuses, Diagnostic anténatal CPDPN…). Les praticiens sont membres du CAI/CLINILS du CHRO.

Les biologistes du laboratoire participent régulièrement à des études de recherche clinique en collaboration avec des praticiens des services de soins ou avec d’autres laboratoires hospitaliers. Le laboratoire est largement intégré aux réseaux de surveillance épidémiologiques dans les différents domaines de la Microbiologie. Les biologistes encadrent régulièrement les stagiaires des écoles de techniciens de laboratoire et interviennent en cours magistraux dans les écoles paramédicales d’Orléans.

Au sein du Pôle Biopathologie, les ressources et les équipements sont mutualisés. Ainsi, les analyses de Biologie moléculaire infectieuse sont exécutées par les techniciens de l’UF de Biologie moléculaire (Structure interne de Génétique) et celles de Sérologies infectieuses / Virologie par les techniciens de l’UF Biochimie. Les biologistes de l’UF de Microbiologie ont la responsabilité biologique de la réalisation de ces examens.

Bactériologie Générale – Laboratoire P2

Les activités de Bactériologie générale sont réparties en 3 secteurs :

- Pédiatrie / Maternité / Gériatrie (La maternité de niveau 3 (environ 5000 accouchements par an) / Plusieurs EHPAD intégrés au CHRO / Prélèvements réalisés au CH de Pithiviers…)

- Urgences / Réanimation / Chirurgies (Urgences adultes et pédiatriques / Plusieurs services de réanimation médicale, chirurgicale / Neurochirurgie, Chirurgie digestive…)

- Infectiologie / Orthopédie / Externes (Médecine infectieuse / Chirurgies orthopédique / Prélèvements externes en provenance des centres de prélèvement du CHRO…)

 

Les équipements du laboratoire sont récents et ont été choisis avec une volonté d’automatisation :

Les analyses bactériologiques sont réalisées sur tout type de prélèvements. L’ensemencement est automatisé pour la majorité des prélèvements sur un ensemenceur automatique de géloses (InoqulA – BD). Des colorateurs automatisés de lames sont utilisés (Gram et MGG – Aerospray – Elitech). Les cytologies urinaires sont réalisées sur un automate de cytologie urinaire (IQ 200 - Beckman).

Les cultures bactériennes sont analysées 7 jours/7 pour l’ensemble des prélèvements. Les identifications bactériennes sont réalisées par spectromètre de masse (MaldiTof Microflex – Bruker). Les antibiogrammes sont réalisés de manière automatisée en milieu liquide (Vitek 2 - Biomérieux) et par diffusion en milieu gélosé (Sirscan Automatique).

Le diagnostic moléculaire d’urgence / confirmation est proposé par le laboratoire et ouvert à la permanence des soins : Panels multiplex comportant chacun une vingtaine de cibles infectieuses avec un délai de rendu inférieur à 2 heures : Panel multiplex « encéphalites », « infections gastriques », « infections respiratoires » (Filmarray, Biomérieux). Caractérisation moléculaire des BHRe (Entérobactéries porteuses de Carbapénémases (PCR englobant l’ensemble des classes)), Entérocoques résistants aux Glycopeptides (PCR vanA / vanB)) (Genexpert, Cepheid).

 

 

 

 

Mycologie – Parasitologie – Coprologie Bactérienne

Les activités de Mycologie / Parasitologie / Coprologie bactérienne profitent d’un très bon recrutement de patients dans la population Orléanaise (par exemple, nous diagnostiquons chaque année plus de 40 cas de paludisme positifs).

Un des centres de prélèvement du CHRO se trouve à côté des laboratoires et les biologistes de l’UF de Microbiologie réalisent des prélèvements gynécologiques et de phanères (Créneaux de prélèvements ouverts à tous les patients extérieurs au CHRO sur rendez-vous).

Les identifications des champignons filamenteux sont réalisées par observation macroscopique et microscopique. Des essais d’identification par spectrométrie de masse sont en cours de validation.

Recherche des Mycobactéries – Laboratoire P3

Les recherches de Mycobactéries sont réalisées dans un laboratoire sécurisé aux normes P3. Les cultures automatisées sont réalisées sur automate MGIT (BD). Les identifications de Mycobactéries sont réalisées par spectrométrie de masse. Le laboratoire dispose d’un automate Genexpert pour la réalisation des PCR Complex tuberculosis. Nous diagnostiquons en moyenne 35 cas de tuberculoses par an.

Sérologies infectieuses - Virologie

Un large panel de sérologies infectieuses est réalisé au laboratoire :

Les analyses sont réalisées sur les automates Architect (Abbott), Liaison (Diasorin), Virclia (Orgentec), Automate de plaques ELISA Gemini (Launch Diagnostic)

Les analyses spécialisées (Western -blots, Immunofluorescences…) sont réalisées par un poste technique dédié.

Biologie moléculaire infectieuse

Les analyses de biologie moléculaire infectieuses sont réalisées dans l’UF de Biologie moléculaire : Charges virales VIH, VHB, VHC, CMV, EBV, BK virus / PCR HSV-1, HSV-2, VZV, Entérovirus, Grippe, VRS, Coqueluche, Mycoplasma-Chlamydophila pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoaea, Papillomavirus… / Génotypages VHC et Génotypages de résistance du VIH aux antirétroviraux (RT, Protéase, Intégrase).

Ces analyses sont réalisées sur les automates Cobas 4800 (Roche), Qiasymphony (Qiagen), ABI 7900 (Applied), Genexpert (Cepheid), Séquenceur 3130 Genetic Analyzer (Applied).

 

sur les automates Cobas 4800 (Roche), Qiasymphony (Qiagen), ABI 7900 (Applied), Genexpert (Cepheid), Séquenceur 3130 Genetic Analyzer (Applied).

Centre Hospitalier Régional d'Orléans